En 1944 en una pequeña isla cerca de Escocia, unos nazis llevaron a cabo un ritual pagano, mediante el cuál trajeron a este mundo a una criatura del mismo infierno, está criatura fue encontrada por un equipo de la sociedad paranormal y lo bautizaron como Hellboy. El profesor Bruttenholm, quien fue parte de ese equipo crió a Hellboy como su propio hijo y ahora trabaja en la Agencia de Investigación y Defensa Paranormal.
Recientemente pasó algo extraño en una expedición de la cuál era parte el profesor, por eso manda llamar a Hellboy, pero mientras están hablando, aparecen muchas ranas y el profesor muere, además un monstruo con aspecto anfibio enfrenta a Hellboy; éste logra derrotar al monstruo, pero necesita respuestas acerca de lo que ha pasado.